Cientos de miles de años atrás, inmensos campos de hielo cubrían la parte oeste de la Patagonia. En la medida que estos glaciares se replegaron, dejaron en su camino ríos salvajes, bosques, fiordos e islas que ahora caracterizan a la costa.

En la actualidad, la Patagonia es uno de los lugares menos contaminados en el mundo debido a su ubicación remota, su escasa población y el estilo de vida de bajo impacto de sus residentes.

El suelo húmedo de la Patagonia alimenta especies coníferas amenazadas con la extinción, incluyendo el alerce, el segundo árbol más grande del mundo y el ciprés de las Guaitecas, el cual fue altamente deseado por los constructores de canoas en el pasado debido a sus propiedades resistentes al agua.

El bosque pluvial temperado de la Patagonia provee un refugio rico en nutrientes para muchas especies que no se encuentran en ninguna otra parte del planeta, incluyendo al huemul, un tipo de venado de Sudamérica. El puma en peligro de extinción y la nutria de río también dependen de las tierras salvajes y ríos de esta zona.

Los profundos fiordos, islas y canales de la Patagonia proveen de un hábitat protegido a ballenas azules, ballenas jorobadas, orcas, delfines chilenos o negros, delfines Peale, leones marinos y focas.

A finales de 1990 el avistamiento de ballenas azules cerca de la costa en el Golfo de Corcovado, en la Patagonia, acaparó la atención de los científicos, quienes sabían poco acerca de criaderos de especies en peligro. Un equipo de investigadores identificó esta área como un criadero de ballenas azules.